Anksioznost može utiecati na razne sisteme u telu, između ostalog i na endokrini. Taj je sistem odgovoran za ravnotežu u žlezdama koje luče hormone. Iako te žlezde luče hormone, one ne kontrolišu njihov nivo u telu. To čini mozak.

Zbunjujuće poruke u mozgu i nervnom sistemu mogu dovesti do blagog poremećaja u lučenju hormona. Kad se nivo anksioznosti vrati u normalu, vratiće se i nivo hormona. Nekoliko je primera gde ti hormoni izazivaju ozbiljnije probleme, no njih može rešiti vaš lekar.

Žene mogu primetiti poremećaje u menstrualnom ciklusu a muškarci promene raspoloženja zbog promenjivog nivoa testosterona.